NERV总部的麻烦则是从SEELE突然开始索要超级突击切斯特战机开始的。
不过这个麻烦被装糊涂的天才碇源堂司令给暂时解决了，毕竟就算SEELE派兵把NERV总部攻下来也拿不到那款战机……
而接下来的麻烦则是从米国第一支部那边送来的三号机，那东西的体内有异生兽因子。
再加上在运输过程中被使徒感染，导致异生兽因子被唤醒，并瞬间控制了使徒。
然后，就在大型运输机刚到达第三新东京市附近的上空，这架运输机就因为机腹上挂载的三号机重量异常增加，快要无法保持飞机升力的机组成员只能被迫将这东西扔到了第三新东京市附近的山里。
就在众人疑惑是怎么回事的时候，无人驾驶的三号机开始了突变，它的背部长出了两根奇怪的灰色尖刺。
同时它的躯干和四肢也开始膨胀，并将黑色涂装的拘束器当场撑破。
随着那些拘束器碎片掉落完毕，三号机也停止了突变，并将身体稳固成人形，身高也从原先的八十米左右进化到了九十多米。
而且对方的体表还覆盖了一层灰黑色的角质层，指尖上也长出了可怕的利爪，嘴部也彻底咧开，并长满了杂乱交错的牙齿。
突变完成后，这个异生使徒在接受了某种命令并在大吼一声后向着第三新东京市前进。
而第三新东京市内部的各个工作人员也确认了三号机已经使徒化，并且他们还在监测报告中看到了另外一组比使徒波形反应还要剧烈许多的全新波形！
看着大屏幕上显示的这个比以往的那些使徒还要恐怖的外貌，葛城美里下令在那东西还没有到达第三新东京市之前使用N2航空暴雷来进行试探性进攻，并在完成进攻后把三台EVA派出去迎战。
被塞进空对地导弹里的N2航空暴雷在战机驾驶员高超的驾驶技术以及导弹先进制导技术的双重加持下成功命中了那个正在前进的异生使徒。
但那个异生使徒连AT力场都没开，仅凭自身防御力超强的皮肤毫发无损地挡下了这种类核武器的爆炸。
就在葛城美里在指挥部的大屏幕上看到异生使徒从爆炸时产生的大火球中闲庭信步走出来的时候。
突然，指挥部内部的一位技术人员通过异生使徒踩出的特别深的那些脚印得到了一个可怕的数据：“等等，葛城少校！那个奇怪的使徒的体重在七万吨以上!”
“什么！”听到这个消息后葛城美里赶忙来到那个技术人员的身旁，并在看到对方面前电脑所算出的精确数据后开始沉声道，“这下不妙了。”
然后葛城美里赶忙取消了EVA的发射指令。
已经登上二号机的明日香忍不住在通讯频道里进行询问：“为什么又不让我们出击了？”
葛城美里给出解答：“外面的那个使徒已经异化出了极其可怕的身体密度，我们现有的所有武器都无法对那东西造成任何伤害。”
明日香忍不住追问道：“身体密度？它再密能密到哪去啊？”
听到这话，葛城美里在通讯频道里说出了刚刚得到的残酷真相：“我只能告诉你，那东西已经突变成拥有九十多米高，七万多吨体重的超级使徒。”
碇真嗣也听到了这个，并在通信系统里插嘴道：“初号机才一千二百多吨，敌人七万吨，这根本不是一个重量级的啊！”
明日香也赶忙问道：“葛城少校，那我们现在该怎么办？”
葛城美里也在疯狂地问着自己：“怎么办？怎么办？”
就在这时，碇源堂来到了指挥部，并在通讯里对碇真嗣问道：“真嗣，你的那个浮空战舰还在这边吗？”
碇真嗣如实回答：“我的战舰现在在非洲那边的秘密基地里更换湮灭反应炉，一时半会来不了。”
听到这话的碇源堂忍不住叹了口气，然后咬牙切齿道：“唉，外面的那个不是我们能对付的存在。全体人员，准备撤离第三新东京市！”
听到NERV最高长官的命令后，整个NERV的人员开始了有条不紊的撤离行动。
碇真嗣在离开初号机后忍不住回过头看向了后者。
同时离开二号机的明日香看着突然发呆的碇真嗣，忍不住叫的：“真嗣，快走吧，我们守不住它们的！”
碇真嗣见状，在下定了某种决心后主动拉着明日香来到了没有任何监控的更衣室内。
跟着碇真嗣来到更衣室的明日香对此有些疑惑：“真嗣，你为什么拉着我到这里？”
碇真嗣主动在面前伸出了右手。
同时，在一阵凭空出现的闪光中，一把外表为梭形的白色带鞘短剑便出现在了他的右手中。
然后他对明日香坚定道：“明日香，我决定了，我要守护你和我们的妈妈。”
就在明日香有些不明白碇真嗣变出一把那样的短剑想干什么的时候，碇真嗣果断将短剑拔出鞘，并将握着剑的右手高高举起！
然后他就在明日香的眼中，伴随着强烈的光芒，从这里消失了。
而刚踏入第三新东京市的异生使徒的正前方也突然出现了直至苍穹的强光，并且一个八十米高的银色巨人从强光中出现，并耸立在对方面前的不远处。
而这个巨人，就是奈克瑟斯奥特曼！
原本奈克瑟斯奥特曼的身高在一般情况下最多只有四十九米。但因为碇真嗣的光，奈克瑟斯奥特曼突破了原先的体型限制，并将身高进化到了八十米！
在获得更大体型之后，他的各项出力数据也获得了至少两倍左右的提升。
异生使徒在看到奈克瑟斯奥特曼出现后主动张开嘴，并在蓄能之后朝着对方发射了一发蓝色的能量弹。
由于对方的发射前摇有点长，奈克瑟斯很轻松就躲开了这一击。
而这打空的能量弹飞到了不远处的山上，并直接将那座山给炸平了。
回过头确认了一眼异生使徒能量弹的威力后，奈克瑟斯奥特曼也开始调动能量，并进化成为了红色青年形态。
进化完毕后，他试图展开美塔领域。
但异生使徒再一次朝着奈克瑟斯奥特曼打了一发蓝色能量弹。
为了躲掉这记能量弹，奈克瑟斯奥特曼中断了美塔领域的开启过程，并果断翻滚躲掉这一击。
躲完之后，他果断纵身跃起，并借着飞行能力提升的额外速度朝着异生使徒的胸口来了一记飞踢将后者踢倒在地。
同样顺势躺在地上的奈克瑟斯奥特曼在对方想起身的同时主动用双手抓住了异生妖的一只利爪，并将双腿往上一卷，来试图将其扭断或是直接扯下来。
但他没能如愿，因为异生使徒主动使用了之前没有使用的AT力场将奈克瑟斯奥特曼给轰飞了出去。
不过在被轰飞之前，奈克瑟斯奥特曼因为死死地抓住了异生使徒的一个爪子，结果那个爪子在他被轰飞的时候也跟着被跟着给扯了下来。
……
就在NERV的那些人开始撤离的时候，外面还在工作的那些摄像头将奈克瑟斯奥特曼出现并与异生使徒交战的画面及时传输进指挥室的大屏幕里。
那些工作人员在看到这种以前在电视里见到的巨大英雄大战怪兽的场面忍不住停下了脚步。
然后其中一个工作人员忍不住叫道：“那个在光芒里出现的，是奥特曼啊！”
另一个工作人员也忍不住跟着叫道：“那个椭圆形的发光眼睛，头顶上如同鱼鳍般的凸起，以及对方胸前的计时器，没错了，绝对是奥特曼！”
也有一个工作人员在看到这个场面后忍不住激动地哭了出来：“奥特曼来了，我们有救了！”
葛城美里在看到大屏幕里的那些画面后，忍不住瞪大了眼睛。
碇源堂为了能更进一步看清楚屏幕，主动摘下了鼻梁上的墨镜。
明日香在碇真嗣从她的眼前突然消失后。为了确认对方身在何处，她赶忙返回了指挥室，然后她也看到了大屏幕里被异生使徒用AT力场轰飞的奥特曼重新站起，并在抛下手上那个从异生使徒身上扯下来的爪子后直接进化成了蓝色青年形态。
看着由红变蓝的奥特曼，原本有些慌张的明日香一下子就不慌了，因为她知道那个奥特曼是谁变的。
……
进化为蓝色青年形态后，奈克瑟斯奥特曼主动招呼出了光之弓，并朝着已经打开AT力场的异生使徒发射了由光之弓和光之剑组成的终极光矢风暴！
巨大的船锚形光矢瞬间贯穿了AT力场和异生使徒，并将对方身体所有的组成部分通通分解成无法再生的分子。
搞定了异生使徒后，奈克瑟斯奥特曼将视线转移到了之前扔掉的爪子上，并直接在亮出风暴之剑后往上面一捅，然后那只还在动弹的爪子也被分解掉了。
做完这一切，收起光刃的奈克瑟斯奥特曼站直身躯，并在那些摄像头的注视下在光芒中缓缓消失，就好像没出现过一般。
但之前的那些损坏大楼和残留在地上的那些巨大脚印却实实在在告诉了NERV总部的那些人，刚才的一切都是真的。
……
碇源堂在看完了奈克瑟斯奥特曼解决了异化成第十三使徒的三号机后取消了撤离指令，并下令开始对损害设备进行抢修。
葛城美里也在松了一口气后瘫坐在了椅子上。
就在这时，碇真嗣突然从外面闯进来，并在跑到明日香面前后对她招呼道：“我回来了。”
明日香看着毫发无伤的碇真嗣，在说了一句“欢迎回来，我的骑士”后，紧紧地抱住了对方。
碇真嗣也跟着抱住了明日香，就像抱住了此生得到的，最珍贵的宝物。